Em mais uma manobra para diminuir o número de militares próximos à Bolsonaro no Gabinete de Segurança Institucional, o Governo Lula cortou o cargo de alguns militares que ainda trabalhavam no GSI. A mudança começou após os atos golpistas de 8 janeiro, quando militares do gabinete e o então ministro, Gonçalves Dias, apareceram nas filmagens das invasões e não fizeram nada para contê-las.
Desde então, o Lula vem realizando alterações na composição do GSI, removendo o máximo de militares possível. De acordo com o jornalista Guilherme Amado, do Metrópoles, atualmente, cerca de 29 integrantes do exército estão nomeados como prestadores de tarefa por tempo certo (PTTC). Há cinco meses atrás, o número era de 54 militares. Essa modalidade de emprego é de total responsabilidade do comando do exército, que escolhe os nomeados e os exonerados.
Já nos cargos civis comissionados, também houve uma drástica alteração do quadro herdado do Governo de Bolsonaro. Desde o início do Governo Lula, ocorreram 24 exonerações e 17 nomeações, uma alteração de 28% do quadro de funcionários inicial. No final de abril, o ministro interino, Ricardo Cappelli, promoveu uma grande mudança na pasta: em apenas dois dias, 29 servidores (militares e civis) que ocupavam cargos de direção e secretários de foram exonerados. Além deles, outros 58 servidores de cargos de escalões mais baixos também foram exonerados.