A Procuradoria-Geral da República (PGR), antigamente, liderada por Augusto Aras, tentou várias vezes impedir a investigação contra Jair Bolsonaro e seus assessores e familiares durante o governo anterior, mas mudou sua postura e passou a apoiar a investigação após a chegada de Lula à Presidência.
Durante o governo Bolsonaro, entre fevereiro e dezembro de 2022, a PGR se manifestou pelo menos seis vezes pedindo o arquivamento da investigação, argumentando que as provas eram ilegais, inconstitucionais e causavam constrangimento ilegal aos investigados.
A PGR alegou que as decisões do ministro do Supremo Tribunal Federal, Alexandre de Moraes, que autorizaram a quebra dos sigilos bancário, fiscal e telemático de Mauro Cid, ajudante de ordens de Bolsonaro, e outros assessores presidenciais, violaram o sistema processual, uma vez que o ministro não ouviu o Ministério Público sobre os pedidos feitos pela Polícia Federal.
Durante o governo Bolsonaro, a PGR acreditava que como já havia um pedido de arquivamento da investigação feito no início de 2022, todas as medidas autorizadas por Moraes eram inválidas e as provas nulas. A investigação contra Bolsonaro e seus assessores teve início no caso do vazamento do inquérito do ataque hacker ao TSE, utilizado pelo ex-presidente para atacar a segurança das urnas eletrônicas.
Ao longo de 2022, na gestão Bolsonaro, a PGR foi contra as quebras de sigilo e pediu que todo o material encontrado fosse anulado. Em suas manifestações, a PGR acusou Moraes e a Polícia Federal de “expedição de pesca” ou “pescaria probatória”. O termo é utilizado para designar quando os investigadores vasculham a intimidade ou vida privada de um alvo sem objetivo específico, somente para tentar identificar fatos que podem ser usados contra essa pessoa.
No entanto, a posição da PGR mudou completamente após a chegada de Lula à Presidência. A PGR deixou de contestar as decisões e, em abril, foi favorável à utilização das provas anteriormente classificadas como nulas e ilícitas para a realização de buscas e prisões no caso da suposta fraude nos cartões de vacinação.
Em 19 de dezembro de 2022, a PGR apresentou um recurso contra uma decisão de Moraes para autorizar a quebra de sigilo telemático de um ajudante de ordens de Bolsonaro. Assim como havia feito pelo menos outras cinco vezes antes, a PGR classificou as provas como ilegais e nulas para pedir o arquivamento do caso. No entanto, um mês depois, em 19 de janeiro, a Polícia Federal pediu nova quebra de sigilo telemático de pessoas próximas a Bolsonaro.